邓禹

职称：教授、博士生导师

学历/学位：研究生/博士

电话：13665117395

电子邮箱：dengyu@jiangnan.edu.cn

长期从事发酵工程，代谢工程，合成生物学，工业微生物等领域的研究，主要承担《细胞生物学》等课程的讲授工作。近年来在Nucleic Acids Research, ACS Catalysis, Chemical Engineering Journal 等行业主流国际期刊发表SCI论文100余篇，申请发明专利70余项，其中授权36项；主持包括国家重点研发计划、国家自然基金等在内的国家及省部级科研项目10余项；国家神农青年英才、江苏省杰出青年基金获得者、江苏特聘教授、江苏省“双创人才”、江苏双创团队负责人、无锡市优秀教育工作者。

工作经历

2015.1-现在：江南大学粮食发酵工艺与食品生物制造国家工程研究中心，教授，博士生导师，绿色与合成生物制造研究团队负责人；

2013.8-2014.12：助理教授（Assistant Professor）, 生物与农业工程系(Department of Biological and Agricultural Engineering), 美国堪萨斯州立大学(Kansas State University)；

2011.5- 2013.6：博士后研究员(Postdoctoral Research Associate)，Thayer工学院(Thayer School of Engineering)，美国达特茅斯学院(Dartmouth College)。

学习经历

2007.8-2011.5：美国弗吉尼亚联邦大学(Virginia Commonwealth University)，化学与生命科学工程专业(Chemical and Life Science Engineering)，工学博士导师：Dr. Stephen S. Fong, 教授；

2005.9-2007.6：江南大学，hjc356黄金城首页线路, 发酵工程专业， 工学硕士，导师：陈坚，教授；

2001.9-2005.6：江南大学，生物工程专业，工学学士。

一、论文（论著）发表情况

部分代表性论文如下：

1. Lixia Liu, Shenghu Zhou, and Yu Deng*. Rational design of the sucstrate tunnel of β-ketothiolase reveals a local cationic domain modulated rule that improves the efficiency of claisen condensation. 2023,13,8183-8194.(IF=13.7)

2. Li Wang, Guohui Li, Aitao Li*, and Yu Deng*. Directed synthesis of biobased 1,6-diaminohexane from adipic acid by rational regulation of a functional enzyme cascade in Escherichia coli. ACS Sustainable Chemistry & Engineering. 2023, 11, 15, 6011-6020. https://doi.org/acssuschemeng.3c00275. (IF=9.2)

3. Shenghu Zhou, Nana Ding, Runhua Han, Yu Deng*. Metabolic engineering and fermentation optimization strategies for producing organic acids of the tricarboxylic acid cycle by microbial cell factories. Bioresource Technology. 2023, 379:128986. https://doi.org/10.1016/j.biortech.2023.128986. (IF=11.9)

4. Meng jia Wu, Junhua Di, Lei Gong, Yu-Cai He, Cuiluan Ma, Yu Deng*. Enhanced adipic acid production from sugarcane bagasse by a rapid room temperature pretreatment. Chemical Engineering Journal, 2023, 452:139320. https://doi.org/10.1016/j.cej.2022.139320. (IF=16.744)

5. Nana Ding, Guangkun Zhang, LinPei Zhang, Ziyun Shen, Lianghong Yin, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Engineering an AI-based forward-reverse platform for the design of cross-ribosome binding sites of a transcription factor biosensor. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023, 21:2929-2939. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.04.026. (IF=6.16)

6. Yize Jia, Chao Huang, Yin Mao, Shenghu Zhou and Yu Deng*. Screening and Constructing a Library of Promoter-5′-UTR Complexes with Gradient Strength in Pediococcus acidilactici. ACS Synthetic Biology. 2023. https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c00067. (IF=5.25)

7. Yunying Zhao, Fangyu Zuo, Quanxian Shu, Xiaoyan Yang, Yu Deng*. Efficient Production of Glucaric Acid by Engineered Saccharomyces cerevisiae. Appl Environ Microbiol. 2023, 22:e0053523. https://doi.org/10.1128/aem.00535-23. (IF=5.0)

8. Shiyun Li, Wenxuan Fu, Ruifang Su, Yunying Zhao, Yu Deng*. Metabolic engineering of the malonyl-CoA pathway to efficiently produce malonate in Saccharomyces cerevisiae. Metabolic Engineering. 2022 Sep;73:1-10. doi: 10.1016/j.ymben.2022.05.007. (IF=8.829)

9. Shenghu Zhou, Hal S Alper, Jingwen Zhou, Yu Deng*. Intracellular biosensor-based dynamic regulation to manipulate gene expression at the spatiotemporal level. Critical Reviews in Biotechnology. 2022 Apr 21;1-18. doi: 10.1080/07388551.2022.2040415. (IF=9.062)

10. Shiyun Li, Lizhou Ma, Wenxuan Fu, Ruifang Su, Yunying Zhao, Yu Deng*. A programmable synthetic upstream activating sequence library for fine-tuning gene expression levels in Saccharomyces cerevisiae. ACS synthetic Biology. 2022, 18;11(3):1228-1239. (IF=5.249).

11. Mei Zhao, Zhenqi Yuan, Longtao Wu, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Precise prediction of promoter strength based on a de novo synthetic promoter library coupled with machine learning. ACS synthetic Biology. 2022, 11(1):92-102. (IF=5.249).

12. Shenghu Zhou, ShuoFu Yuan, Priya H. Nair, Hal S. Alper, Yu Deng*, Jingwen Zhou*. Development of a growth coupled and multi-layered dynamic regulation network balancing malonyl-CoA node to enhance (2S)-naringenin biosynthesis in Escherichia coli. Metabolic Engineering. 2021, 67:41-52. (IF=8.829).

13. Yunying Zhao, Shiyun Li, Jing Wang, Yingli Liu, Yu Deng*. Roles of high osmolarity glycerol and cell wall integrity pathways in cadmium toxicity in Saccharomyces cerevisiae. International Journal of Molecular Sciences. 2021, 22(12):6169. (IF=6.208).

14. Nana Ding, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Transcription factor-based biosensor engineering for applications in synthetic biology. ACS synthetic Biology. 2021, 10(5):911-922. (IF=5.249).

15. Shumin Xu, Linpei Zhang, Shenghu Zhou, Yu Deng*. (2021) Biosensor-based multi-genetic pathway optimization for enhancing the production of glycolate. Applied and Environmental Microbiology. 2021, 87(12):e0011321. (IF=5.005)

16. Tingting Hao, Guohui Li, Shenghu Zhou*, Yu Deng*. Engineering the reductive TCA pathway to dynamically regulate the biosynthesis of adipic acid in Escherichia coli. ACS Synthetic Biology. 2021, 10(3):632-639. (IF=5.249)

17. Nana Ding, Zhenqi Yuan, Xiaojuan Zhang, Jing Chen, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Programmable cross-ribosome-binding sites to fine-tune the dynamic range of transcription factor-based biosensor. Nucleic acids research. 2020, 48(18):10602-10613. (IF=19.160)

18. Shenghu Zhou, Tingting Hao, Shumin Xu, Yu Deng*. Coenzyme A thioester-mediated carbon chain elongation as a paintbrush to draw colorful chemical compounds. Biotechnology Advances. 2020, 43:107575. (IF=17.681)

19. Li Wang, Guohui Li, Yu Deng*. Biosynthesis of diamines: research progress and application prospects. Applied and Environmental Microbiology, 2020, 86(23):e01972-20. (IF=5.005)

20. Lixia Liu, Shenghu Zhou, Yu Deng*. 3-Ketoacyl-CoA thiolase: an engineer enzyme for carbon chain elongation of chemical compounds. Applied Microbiology and Biotechnology. 2020, 104(19):8117-8129. (IF=5.560)

二、专利情况

1. 邓禹，赵梅，毛银，赵运英，卢伟强，陆春波。一种从发酵液中提取己二酸的方法，ZL201710622975.1，2019/9/3

2. 邓禹，陆春波，毛银，赵运英。一株乳酸片球菌及其应用，ZL201710585894.9，2019/9/3

3. 邓禹，陆春波，毛银，赵运英。一株副干酪乳杆菌及其应用，ZL201710585895.3，2019/9/3

4. 邓禹，邹宗胜，赵运英，毛银。一株植物乳杆菌及其在发酵饲料方面的应用，ZL201710749942.3，2019/11/19

5. 邓禹，陈娜，张晓娟，毛银。一种构建重组酿酒酵母发酵生产葡萄糖二酸的方法，ZL201710280402.5，2020/9/18

6. 邓禹，朱康佳，李国辉，毛银，赵运英。一种快速检测大肠杆菌中乙醇酸产量的方法，ZL2018114934151，2020/8/4

7. 邓禹，马宁，张晓娟，赵运英，毛银。一种提高大肠杆菌中乙醇酸产率的方法，ZL201810105170.4，2021/2/26

8. 邓禹，赵梅，张熙，黄荻萱，毛银。一种戊二酸的全生物合成的方法，ZL201710512583.X，2021/7/27

9. 邓禹，李国辉，黄荻萱，毛银，赵运英，周胜虎。一种精确检测发酵液中丁二胺含量的方法，ZL201911179043X，2021/8/18

10. 邓禹，李国辉，王莉，黄荻萱，毛银，赵运英，周胜虎。一种精确检测发酵液中戊二胺含量的方法，ZL2019111793832，2021/8/18

11. 邓禹，赵运英，李杰，李国辉，毛银，周胜虎。一种提高酿酒酵母工程菌株合成葡萄糖二酸效率的方法，ZL2019114128234，2021/10/26

12. 邓禹，徐淑敏，周胜虎，毛银，李国辉，赵运英。一种可反复消除的乙醇酸传感器及其构建方法，ZL2019109725521，2022/1/11

13. 邓禹，赵运英，李杰，毛银，周胜虎，李国辉。一种提高酿酒酵母工程菌生产葡萄糖二酸的发酵方法，ZL2019114128643，2022/2/8

14. 邓禹，赵梅，毛银，叶乘锋，张佳南，娜荷芽，汪敏，周宇辰。一种无需诱导剂提高大肠杆菌中乙醇酸产量的方法，ZL202010646581.1，2022/4/15

15. 邓禹，赵运英，李诗韵，李国辉，毛银，周胜虎。一种丙二酸的全生物合成的方法，ZL2019114208510，2023/5/12

16. 邓禹，周胜虎，郝婷婷，毛银，赵运英，李国辉。一种氧气响应型生物传感器的构建与应用，ZL2021102263938，2023/6/12

17. 邓禹，李国辉，鲍青青，支睿，李顺，毛银，赵运英，周胜虎。一种庚二酸的全生物合成方法，ZL2021111356467，2023/8/25

18. 邓禹，周胜虎，牛晓倩，李国辉，毛银，赵运英。脱氮副球菌氧气诱导型启动子，ZL202111257349X，2023/8/8

19. 邓禹，李国辉，王杰明，支睿，毛银，赵运英，周胜虎。一种霍氏肠杆菌发酵生产庚二酸的方法，ZL2022103047733，2023/8/25

20. 邓禹，李国辉，支睿，鲍青青，李顺，毛银，周胜虎，赵运英。一种利用克雷森缩合反应生产庚二酸的全生物合成法，ZL202210251953X，2023/8/25

三、承担教学科研项目情况

1. 国家重点研发计划课题，高精度数学模型建立及途径人工智能设计，项目编号 2022YFA0911801，2022年11月-2027年10月，经费135万元，子课题负责人；

2. 江苏省杰出青年基金项目，食品二元羧酸生物传感器理性设计与调控机制研究，项目编号SBK2022010219，2022年7月-2025年6月，经费150万元，项目主持；

3. 广西重点研发计划，微生物发酵粕关键技术研究及产业化应用，项目编号：桂科AB22035063，2022年1月-2024年12月，经费199万元，项目主持；

4. 天津市合成生物技术创新能力提升行动2020年度科技攻关，己二酸生物合成关键技术研究，项目编号 TSBICIP-KJGG-015-03，2021年1月-2023年12月，经费80万元，项目主持；

5. 国家重点研发计划课题，活性污泥底盘细胞的设计及污染物高效降解菌的构建，项目编号 2019YFA0905502，2020年1月-2024年12月，经费468万元，课题负责人；

6. 国家自然科学基金-面上项目，平衡大肠杆菌代谢流量分配高效积累乙醇酸，项目编号 21877053，2019年1月-2022年12月，经费67万元，项目主持；

7. 2017年江苏省“双创计划”-创新团队，300万元，项目主持。

8. 国家自然科学基金-青年项目，乙醇酸合成途径基因在大肠杆菌中的模块化协调表达，项目编号 31500070，2016年1月-2018年12月，经费20万元，项目主持；

9. 2015年江苏特聘教授项目，50万元，项目主持；

10. 2016年江苏省“双创人才”高校创新，32万元，项目主持；

11. 江苏省自然科学基金-青年项目，代谢改造大肠杆菌高效积累乙醇酸的分子机理研究，项目编号BK20150136, 2015年7月-2018年6月，经费：20万元，项目主持；

12. 江南大学自主科研-重点项目，代谢改造大肠杆菌高效积累葡萄糖二酸，2017年1月-11.2019年12月，100万元，项目主持。

13. 2016年江苏省“六大人才高峰”，8万元，项目主持。

14. 横向科研，到账超过1000万元，项目主持。

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四、获奖情况（含指导学生获奖）

1. 国家神农青年英才，2023

2. 江苏特聘教授，2015

3. 江苏省“双创人才”，2016

4. 江苏双创团队，2017

5. 江苏省杰出青年获得者，2022

9. 江南大学优秀毕业论文指导教师，2018

6. 全国大学生生命科学创新创业大赛指导教师，2019，2020

7. 无锡市第十二届自然科学优秀学术论文特等奖，2023

8. 无锡市优秀教育工作者，2023

以上资料更新时间截止：2023年10月